La chiesa di S. Ansano, che in testi scritti compare per la prima volta nel secolo XII, fu eretta in epoca carolingia sulle fondamenta di un tempio romano del primo secolo d.C. Il primo insediamento chiesastico aveva lo stesso orientamento del tempio: l'abside a sud e la facciata verso il Foro (ora Piazza del Mercato). Nel secolo XI-XII subì un notevole riadattamento: venne prolungata l'aula, fu invertito l'orientamento, con il prospetto a sud e l'abside verso il Foro, e fu eretta la cripta di S. Isacco. Nel corso del tempo, la chesa andò incontro ad altri significativi rimaneggiamenti, soprattutto nei secoli XVI e XVII, finchè venne interamente ricostruita in stile neoclassico dall'architetto milanese Antonio Dotti, alla fine del Settecento.

La chiesa ha avuto al suo servizio, ininterrottamente, una comunità religiosa: i Benedettini (fino al sec.XVI), i Canonici Regolari Lateranensi (1502-1826), i Liguorini o Redentoristi (1826-1855), le Monache Benedettine (1868-1855) e infine i Frati Minori Conventuali (dal 1896), con i quali è diventata una chiesa francescana assumendo il titolo di "Chiesa dei SS. Ansano e Antonio".